Film "Begunci" govori o tajnama devetogodišnjeg bjegstva Radovana Karadžića i Ratka Mladića od međunarodne pravde, cijeni koju Bosna i Hercegovina i, posebno, Republika Srpska plaćaju za njihovu produženu slobodu kao i svemu onome što se proteklih godina u sudnicama Tribunala čulo i vidjelo o njihovoj ulozi u zločinima za koje su prije tačno devet godina optuženi.
O ovim i drugim temama u filmu "Begunci" govore bivši i sadašnji glavni tužioci Tribunala Richard Goldstone, Louise Arbour i Carla Del Ponte, Visoki predstavnik u BiH Paddy Ashdown, političari Milorad Dodik i Dragan Kalinić, ekonomista Žarko Papić, profesor Miodrag Živanović, novinari Željko Kopanja, Dragan Davidović i Šeki Radončić i druge ličnosti.